Coen bleek al op jeugdige leeftijd grote interesse te hebben in alles wat met natuur te maken had. Hij begon - net als zijn vader - met het verzamelen van dieren. Daarbij tekende en beschreef hij bijzondere soorten, door scheepslui uit de ‘Oost’ meegebracht.

Vader Jacob Temminck en moeder Alyda van Stamhorst waren in Amsterdam burgers met hoog aanzien. Jacob was penningmeester bij de V.O.C. en stond bekend om zijn grote verzameling opgezette en geprepareerde vogels. Vader Temminck wist Coen op 17-jarige leeftijd aan een baan te helpen als veilingmeester bij de V.O.C. maar in 1798 hield de deze compagnie op te bestaan en drie jaar na zijn aanstelling was hij weer werkeloos. Coen ging daarna naar Offenbach (D) waar hij kwam te werken bij de ornitholoog Meijer (ornithologie is de wetenschap die zich bezighoudt met de anatomie van vogels). Door Meijer werd Temminck meer bedreven in het prepareren van dieren, vooral vogels.

Reputatie
Ruim 20 jaar later zou Temminck een belangrijke stap in zijn carrière zetten. In 1819 overleed S.J. Brugmans. Hij was verantwoordelijk voor de collectie van het Kabinet van Natuurlijke Historie. Temminck was degene die hem zou opvolgen. Enkele jaren voor zijn overlijden had Brugmans al de fundamenten van wat nu Museum Naturalis is gelegd, met het bijeen brengen van enkele privé-collecties, waaronder die van Temminck en die van de universiteit. Daar was Brugmans mee begonnen na het einde van de Franse overheersing, in 1813. Tijdens de overheersing waren veel privé-verzamelingen in Frankrijk terecht gekomen. Brugmans wist deze, waaronder ook een verzameling van prins Willem V, terug te krijgen in Nederland. In Leiden voegde hij de collecties uit Frankrijk en die van C.G.C. Reinwardt (beste vriend van Temminck en oprichter van de plantentuin op Java) samen, waarmee de eerste grote verzameling werd samengesteld. Bij gebrek aan ruimte werden deze collecties ondergebracht in de Hortus.

Nieuw leven
In 1825 kwam Hermann Schlegel bij Temminck in de leer. Schlegel leerde van hem prepareren. Na Temminck’s overlijden in 1858 werd Schlegel de nieuwe directeur van het museum. Tijdens zijn bewind zijn de geologische en mineralogische collecties ondergebracht in een eigen museum aan de Garenmarkt. Het Museum voor Natuurlijke Historie kreeg met ernstig ruimtegebrek te maken en plannen werden gemaakt om het museum naar de Raamsteeg te verhuizen. Schlegel’s opvolger F.A. Jentink was degene die het nieuwe museum daar wist onder te brengen. Jentink wilde de collectie brandvrij en donker bewaren waardoor het publiek niet meer bij de collecties kon komen. Het museum was terug bij af: een wetenschappelijk instituut. Een kleine eeuw zijn de geprepareerde en opgezette exemplaren verborgen gebleven. Tegen het einde van de twintigste eeuw werd besloten het museum nieuw leven in te blazen. Het oude ‘Pesthuis’ werd omgetoverd tot een waardig entree van museum Naturalis dat via een loopbrug gekoppeld is aan het enorme nieuwe gebouw. De geologische en mineralogische collecties zijn weer bij de zoölogische collectie gevoegd. Naturalis heeft daarmee de grootste museumcollectie van Nederland en is qua natuurhistorisch materiaal de grootste van de wereld.